Baltijas jūrā ir dažāda veida aizsargājamās teritorijas. Dažu teritoriju izveidi kā, piemēram, Baltijas jūras aizsargājamās teritorijas (Baltic Sea Protected Areas - BSPAs) un Putniem nozīmīgas vietas (Important Birds Areas - IBAs), ir ierosinājušas tādas starptautiskas organizācijas kā HELCOM un BirdLife. Šo teritoriju galvenais mērķis ir nodrošināt dabas vērtību saglabāšanos starptautiskā līmenī, un tās ir nozīmīgas visai Baltijas jūrai.

Bez tam katra valsts savos teritoriālajos ūdeņos veido jūras Natura 2000 vietas, un tas ir vēl viens veids, kā aizsargāt jūras ekosistēmas. Arī nacionālā līmenī noteiktām aizsargājamām teritorijām ir nozīmīga loma jūras vides aizsardzībā, jo tās no dabas aizsardzības viedokļa tiek veidotas visvērtīgākajās un jutīgākajās vietās, tā novēršot daudzu nozīmīgu jūras dabas vērtību izzušanu.
Tomēr vislielākais ieguvums ir Natura 2000 vietu tīkls visā Baltijas jūrā, kas ir ļoti svarīgs tādām migrējošām dzīvnieku klasēm, kā putni, zīdītāji un zivis. Gadījumā, ja tiktu aizsargātas to ziemošanas vietas, bet ligzdošanas ne, to izdzīvošana vienalga būtu apdraudēta.

Jāņem vērā arī ziemas apstākļu dažādība, piemēram, ja ziema ir silta, Rīgas līcī ziemo ievērojams skaits dažādu sugu putnu, kas aukstas ziemas gadījumā ir spiesti pārvākties uz Lietuvas piekrastes ūdeņiem, jo Rīgas līcis aukstās ziemas aizsalst. Šī iemesla dēļ aizsargājamās teritorijas ir jāveido abās vietās, un ir nepieciešama starptautiska pieeja jūras vides aizsardzībai.
Projekta oficiālā mājas lapa - www.balticseaportal.net
Starptautiski putniem nozīmīgas vietas
Natura 2000 vietas
Starptautiski putniem nozīmīgas vietas
Natura 2000 vietas
Kartes (Ruta Tamre, Igaunijas Vides informācijas centrs)