Baltijos jūroje yra keletas skirtingų saugomų teritorijų tipų. Kai kurie jų, pavyzdžiui, Baltijos jūros saugomos teritorijos (angl. "Baltic Sea Protected Areas" - BSPA) arba paukščiams svarbios teritorijos (angl. "Important Birds Areas" - IBA), skirti apsaugoti tarptautiniu mastu svarbioms teritorijoms ar jų gamtinėms vertybėms ir pasiūlyti didelių tarptautinių organizacijų, tokių kaip Helsinkio Komisija ar BirdLife. Šios teritorijos yra svarbios visai Baltijos jūrai. Jūrinės Natura 2000 teritorijos yra kitas pavyzdys, kaip siekiama apsaugoti jūrines ekosistemas. Šias teritorijas šalyje paskelbia ir įteisina atsakingos šalies institucijos.

Nacionalinės saugomos teritorijos atlieka svarbų vaidmenį apsaugant jūrinę aplinką. Jūrinės Natura 2000 teritorijos įsteigiamos ten, kur lokalizuojasi vertingiausi ir jautriausi gamtos komponentai. Vienas pagrindinių Natura 2000 teritorijų steigimo tikslų yra suformuoti saugomų teritorijų tinklą, kuris jungtų skirtingose šalyse esančias gamtiškai vertingas vietoves ir taip užtikrintų įvairių saugomų rūšių išlikimą.
Saugomų teritorijų tinklas yra labai svarbus judrioms gyvūnų grupėms, pavyzdžiui, paukščiams, žinduoliams ar žuvims. Jis ypatingai svarbus migruojantiems gyvūnams. Nepakanka apsaugoti tik teritorijas žiemojimui - jei veisimosi vietos bus be apsaugos, rūšies išnykimo pavojus išliks. Be to, kai kurios jūrinės pakrantės yra susijusios tarpusavyje.

Pavyzdžiui, kai Rygos įlanka užšąla, ten žiemojantys paukščiai persikelia žiemoti į  Lietuvos pakrantes. Tokiais atvejais svarbu apsaugoti abi terirorijas, siekiant užtikrinti palankias žiemojimo sąlygas vandens paukščiams. Todėl tarptautinis bendradarbiavimas steigiant jūrines saugomas teritorijas yra būtinas.
Pagrindinė projekto svetainė - www.balticseaportal.net
Tarptautinės paukščiams svarbios teritorijos
Natura 2000 teritorijos
Tarptautinės paukščiams svarbios teritorijos
Natura 2000 teritorijos
Žemėlapiai sukurti Rutos Tamre (Estijos aplinkos informacijos centras)