Существует несколько типов охраняемых природных территорий на Балтийском море. Некоторые из них, такие как Охраняемые территории Балтийского моря (BSPAs) или Ключевые орнитологические территории (IBAs), созданы в интересах разных стран международными организациями, например HELCOM и BirdLife. Такие территории важны для всего Балтийского моря. Морские территории сети Natura 2000 являются еще одним примером усилий по охране морских экосистем. Они утверждаются на национальном уровне. 

Большую роль в сохранении морской среды играют также национальные охраняемые территории. Созданные в наиболее важных и уязвимых районах, они гарантируют сохранение морских природных ценностей.
Важным пунктом является создание сети морских охраняемых территорий. Такая сеть особенно важна для перемещающихся групп животных, таких как птицы, млекопитающие и рыбы,  особенно мигрантов. Если будут охраняться только районы зимовок, а районы размножения останутся неохраняемыми, вид может столкнуться с риском вымирания. Некоторые прибрежные районы также особым образом связаны. 

Когда замерзает Рижский залив, птицы, которые там зимуют, перемещаются к побережью Литвы. В таких случаях важно охранять оба места, чтобы обеспечить им природоохранный статус. Вот почему необходим международный подход к охране морской среды.
Главный сайт проекта - www.balticseaportal.net
Международные ключевые орнитологичесие территории
Территории сети Natura 2000
Международные ключевые орнитологичесие территории
Территории сети Natura 2000
Карты Риты Тамре (Эстонский центр экологической информации)